Được tôn thờ trong đình, chùa

Ngưỡng mộ công đức của Bùi Hữu Nghĩa, nhân dân trong vùng đã lập thần chủ, bài vị tôn thờ vợ chồng ông ở đình Bình Thủy và chùa Nam Nhã. Hàng năm vào ngày 21 tháng giêng đều tổ chức lễ giỗ ông. Nhân dân ở xã Nhị Long (Càng Long, Trà Vinh) cũng đã lập đình Long Thạnh để thờ phụng Bùi Hữu Nghĩa.

Được lập khu tưởng niệm

Trên đường Cách mạng tháng Tám (cách cầu Bình Thủy khoảng 500 m), rẽ vào đường Huỳnh Mẫn Đạt khoảng 200 m là đến Khu tưởng niệm Bùi Hữu Nghĩa (nay thuộc phường Bùi Hữu Nghĩa, quận Bình Thủy, thành phố Cần Thơ). Ban đầu (1872), mộ Thủ Khoa Nghĩa được xây bằng đá ong, và sau đó đã được tu sửa ba lần. Năm 1987, chính quyền tỉnh Cần Thơ đã cho trùng tu lại khu mộ (gồm một nhà thờ nhỏ và ngôi mộ), và mở rộng diện tích (530 m²). Ngày 25 tháng 1 năm 1994, Bộ Văn hóa-Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) đã ký Quyết định số 152 QĐ/BT công nhận khu mộ là di tích "Lịch sử Văn hóa cấp quốc gia" (ngày 19 tháng 10 năm 2011 bằng di tích được cấp lại, và đổi tên là "Di tích Quốc gia").

Từ năm 2010 đến 2012, khu mộ trên lại được chính quyền cho xây dựng mới gồm mộ, nhà bia, nhà thờ, nhà khách, nhà trưng bày. Tất cả đều được xây theo lối kiến trúc cổ trên một diện tích hơn 1 ha, và đặt tên là "Khu tưởng niệm Thủ khoa Bùi Hữu Nghĩa". Công trình đã được khánh thành vào ngày 1 tháng 3 năm 2013, nhân lễ giỗ thứ 141 của ông [2].

Ngoài ra, tên Bùi Hữu Nghĩa cũng đã được nhiều tỉnh thành trong nước Việt Nam, chọn đặt tên cho trường học và đường phố.

Trước năm 1975, tại thành phố Cần Thơ tên đường Thủ Khoa Nghĩa được đặt cho một phần quốc lộ 4 cũ (nay đổi thành quốc lộ 1), đoạn từ phà (bắc) Cần Thơ cho tới Ngã tư Bến xe Cần Thơ cũ (lúc bấy giờ lại gọi là Bến xe mới) với chiều dài gần 1 cây số. Sau năm 1975, đường này đã bị đổi tên thành đường Trần Phú cho đến ngày nay. Tuy nhiên, cũng ngay sau đó chính quyền mới đã cho đặt tên đường Bùi Hữu Nghĩa cho một đoạn của đường hương lộ (nay đã đổi thành tỉnh lộ) ngay tại khu vực chợ Bình Thủy vốn là quê hương của ông. Hiện nay toàn bộ tuyến đường tỉnh lộ này với chiều dài hơn 10 cây số đều đã mang tên là đường Bùi Hữu Nghĩa.